As empresas que não cumprirem as exigências destas normas estarão sujeitas a penalidades que variam de multas à interdição do estabelecimento.
Se for caso de aplicação de multa, uma empresa que tem três funcionários, por exemplo, e não implantou ambos os programas, quando fiscalizada, receberá uma multa que poderá variar de R$ 1.015 a R$ 1.254 por não ter implantado o PCMSO e pela não implantação do PPRA uma multa valor de R$ 2.252 a R$ 2.792, dependendo do auditor fiscal.